Рассмотрим процесс создания проекта на языке C в среде Eclipse. Пусть у нас уже имеются файлы с исходным кодом программы.

1. Запустите среду Eclipse (eclipse.exe).
2. Выберите рабочее пространство "workspace" (если eclipse предлагает сделать это).
3. Создайте новый C-проект : File -> New -> C Project
4. Укажите имя проекта (new) и нажмите finish.
5. Закройте окно Welcome
6. Импортируйте в проект исходные файлы программы. Здесь желательно создать структуру каталогов, в папку include помещаются h-файлы, в папку source - c-файлы. Для добавления каталога нажмите правой кнопкой мыши на имени проекта в окне Project Explorer. Далее New->Folder и указываем имя папки (например, include). Импорт исходного файла в проект: Project Explorer -> Import -> Filesystem. Далее выбираем каталог, в котором располагаются нужные файлы и отмечаем галочками те, которые будут добавлены в проект. Указанные файлы копируются в каталог проекта. Указываем каталог в проекте, в который нужно поместить импортируемые файлы. По завершении получаем структуру проекта, подобную рис. ниже.

Теперь необходимо поместить в проект make-файл. Make-файл указывает компилятору как собрать программу. Незаменим в  кроссплатформенных проектах, поскольку позволяет задавать различные варианты сборки для различных платформ (задавать компилятор, степень оптимизации дополнительные библиотеки и пр.). Make-файлы используют в больших проектах, поскольку позволяет повторно компилировать только измененные файлы, что значительно ускоряет процесс сборки программы. В среде Eclipse использование make-файлов является общепринятым методом сборки программы.
Make-файл по умолчанию имеет название "makefile". Он содержит в себе инструкции, описывающие процесс сборки программы. Перевод официального руководства по написанию make-файлов можно взять здесь, детальное описание команд make-файла на примере можно найти здесь. Мы будем использовать простой make-файл, расположенный здесь.
7. Импортируйте в корневой каталог проекта (new) данный make-файл.
Разобраться в структуре make-файла не сложно. Константа CLINKER_WINDOWS Указывает на путь к компилятору (файлу gcc.exe). В данном случае это "C:\Program files\MinGW\bin\gcc". Измените данную константу, если в вашей системе путь к файлу gcc.exe иной.
Константы source_dirs и include_dirs указывают на директории, где компилятор будет искать файлы с исходными текстами и заголовочные файлы соответственно. В данном случае, с-файлы можно располагать в рабочем каталоге и в подкаталоге source. h-файлы можно располагать в рабочем каталоге и в подкаталоге include (точка в списке каталогов означает рабочий каталог программы, список каталогов указывается через пробел, если необходимо указать каталог, содержащий пробелы, то используются двойные кавычки "").

8. Настройте компилятор: Project -> Properties -> Builders.
- Отключите имеющиеся в списке компиляторы (снимите галочку напротив CDT builder и Scanner Configuration Builder).
- Создайте новый компилятор (кнопка new).
- Установите опции компилятора следующим образом:
    Вкладка Main:

•          Location: путь к make-файлу (например, C:\MinGW\bin\mingw32-make.exe).
•         Working directory: рабочий каталог (например, ${workspace_loc:/new} - указатель на каталог проекта new)
•         Arguments: правила компиляции, заданные в make-файле (например, all clean)

Теперь можно проверить правильность настройки компилятора, выбрав команду Project -> Build all или нажать Cntrl+B. Как вы можете видеть, в Eclipse одновременно можно подключать несколько компиляторов.
9. Многие программы требуют специальных параметров для запуска или специального окружения. В Eclipse нельзя просто нажать F9 и запустить скомпилированный *.exe-файл. Сначала нужно настроить конфигурацию запуска программы. Для этого нужно настроить конфигурацию запуска: Run -> External Tools -> Open External Tools Dialog... и создать новую конфигурацию (New_configuration). Далее нужно установить опции следующим образом:
   Вкладка Main:

•  Location: путь к программе запуска. В нашем случае это наш скомпилированный exe-файл (например, C:\Documents and settings\andrey\workspace\new\all.exe).
•      Working directory: рабочий каталог (например, ${workspace_loc:/new} - указатель на каталог проекта new).
•      Arguments: необходимые для запуска программы параметры (в нашем случае - ничего).

   Теперь можно проверить правильность настройки запуска программы, выбрав команду Run -> External Tools -> New configuration. Если программа отработала успешно, настройка выполнена правильно.
Для дополнительного удобства можно настроить горячие клавиши таким образом, чтобы данная конфигурация запускалась при нажатии клавиши F9.